A resposta vai exigir um pouco de vocabulário católico. Vamos nessa. Uma igreja tem uma área de atuação, que é sua paróquia ou freguesia. Corresponde, grosso modo, a um bairro. Por exemplo: o bairro da Freguesia do Ó, em São Paulo, era originalmente a paróquia onde moravam os fiéis que iam à igreja de Nossa Sra. do Ó. 

Um conjunto de paróquias forma uma diocese (do mesmo jeito que um conjunto de bairros forma uma cidade). A diocese tem um bispo, que é o “prefeito” católico daquele pedaço. O prefeito, naturalmente, tem uma prefeitura, que é uma igreja maior, chamada catedral. A palavra vem de “cátedra”, ou “cadeira”. A cadeira em que o bispo senta. 

Um outro jeito de chamar uma catedral é simplesmente “sede”, palavra que vem do latim sedes e significa “local onde se senta”, ou simplesmente “cadeira”. Com o tempo, esse termo acabou encurtado para uma sílaba só: sé.  

Falando assim, parece que “Catedral da Sé” é um pleonasmo. Mas não é, porque a palavra “sé” foi ganhando um significado mais amplo com o passar dos séculos: passou a se referir a todo o território da diocese, e não apenas à igreja onde ela fica sediada. Ou seja: o nome significa, na prática, “Catedral da Sé de São Paulo”.

Nem todo o município de São Paulo, diga-se, pertence à diocese. As zonas Leste e Sul são tão grandes que acabaram ganhando dioceses separadas: as de São Miguel e Santo Amaro, respectivamente. Isso reflete, também, o fato de que Santo Amaro e outros bairros adjacentes, originalmente, outro município – uma história que você entende melhor aqui.

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