Sim, leva. As notificações de infrações comuns (como excesso de velocidade ou desrespeito ao semáforo) são enviadas às empresas, que têm autonomia para repassar a multa para o motorista responsável, de acordo com a norma adotada internamente.
Também existem multas para infrações que só uma empresa que presta transporte público pode cometer – como colocar menos ônibus que o combinado na rua, não cumprir os horários de circulação etc. Essa legislação é específica de cada cidade e provavelmente está disponível nos sites das respectivas Secretarias de Transportes.
Fonte: SPTrans, EMTU.